國家兒童未來館籌備處編制設主任1人，綜理處務。下設副主任1人， 2組1室分別為企劃組、工務組及行政室。並設置專責人事管理員及主計員。
籌備處掌理以下事項：
一、國家兒童未來館籌設之總體規劃。
二、場館發展方向、營運管理計畫及相關法規之擬訂。
三、展演主題之蒐集、研究、規劃設計、設置、維護管理、推廣及交流。
四、國家兒童未來館工程之規劃設計與專業設施之採購及監督。
五、其他有關國家兒童未來館籌設事項。
